Merkin takana on yksityinen ja yleishyödyllinen Helsingin Sanomain Säätiö.
Helsingin Sanomain Säätiö tukee ja edistää laatujournalismin ja sananvapauden toteutumista rahoittamalla alan tutkimusta, koulutusta ja kilpailuja. Säätiö toimii medialukutaidon vahvistamiseksi, kannustaa lukuharrastuksen pariin ja pyrkii lähentämään tutkijoita ja media-alan toimijoita toisiinsa. Säätiö vastaa myös Sanoma-konsernin historiallisen aineiston tallentamisesta ja esittämisestä. Tätä työtä tehdään Merkissä.
Säätiö käyttää vuosittain noin neljä miljoonaa euroa tarkoituksensa toteuttamiseen. Se rahoittaa toimintansa sijoitus- ja rahoitustoimintansa tuotoilla.
Vuonna 2005 perustettua säätiötä johtaa seitsenhenkinen hallitus puheenjohtajanaan Helsingin Sanomien päätoimittaja Antero Mukka. Säätiön operatiivisesta toiminnasta vastaa yliasiamies Ulla Koski.